La iglesía es muy original y se adapta mal a los estilos conocidos. Se trata de una iglesia visigoda (¿o visigótica?) del siglo VII que tiene rasgos tardo-romanos, visigodos y mudéjares.
La iglesia ha sido restaurada y habilitada para su visita en un complejo de interpretación de los templarios. No hace demasiado tiempo era utilizado por pastores para guardar sus ovejas.
Parece que la iglesia perteneció a un conjunto monástico creado en el siglo VII sobre una quinta romana con cinco presas sobre los dos arroyos que rodean al montículo donde está ubicada.
La iglesia no se contruyó demasiado tiempo atrás a la conquita musulmana de la península. Puede incluso que se siguiera construyendo durante la invasión y siguiera manteniéndose el culto por una comunidad mozárabe que luego desaparecería y sería utilizada de defensa por los árabes.
Con la conquista de toledo por Alfonso VI de Castilla en el 1085, vuelve a su función litúrgica sin perder su funcíon militar. Los templarios convirtieron la iglesia en torre defensiva y se relaciona con el cercano castillo de los templarios de San Martin de Montalbán.
La curiosidad de este lugar es la teoría del investigador toledano José Ignacio Carmona, que indaga en su libro, «Santa María de Melque y el tesoro de Salomón», sobre el posible paradero de los objetos que conformarían el caudal de este rey de Israel, entre los que se encontrarían el Arca de la Alianza, la Menorá o la famosa Mesa de salomón, que habrián llegado a la Península Ibérica de la mano del rey visigodo Alarico I tras el saqueo de Roma en el año 410.
La mítica mesa de Salomón, con propiedades mágicas, construida por el sabio rey Salomón, que incluía en ella, en clave geométrica el nombre oculto de Dios y que otorgaba el poder de ver pasado, presente y futuro, además de su valor material, pues se suponía hecha de una o muchas esmeraldas y oro fue llevada a Roma en el año 70 d.c. tras el saqueo y destrucción del legendario templo. Los godos se harían con el tesoro en el saqueo de Roma y sería llevado primero a Tolosa y un siglo después a Toledo, tras el avance de los Francos.
Tras la entrada de los musulmanes en la península, la corte visigoda escondería los tesoros y reliquias que representaban la fuerza de la tribu y la legitimación del poder. Uno de estos tesoros son las coronas y cruces ofrecidas por los reyes como exvotos a la catedral de Toledo, fue encontrado casualmente en Guarrazar (sitio cercano a la iglesia de Melque). El investigador Carmona defiende que también podría estar oculto el tesoro de Salomón en los alrededores de Toledo y por sus investigaciones el sitio probable sería esta iglesia. Parece que en la iglesia hay un pozo que conectaría con galerías subterráneas que llevarían incluso hasta el distante castillo de Montalbán, a cinco kilómetros y en que podría estar oculto el tesoro.
Todo parece una novela de intriga, porque parece que mucha gente y grupos masónicos e esotéricos. Incluso los nazis estuvieron por Toledo y alrededores en busca de los tesoros de los visigodos.
